在太平洋范围内，一批探测员乘坐轮船打算去海洋深处探测，正在他们进行任务对接时，船上人员监测到深海附近有不明障碍物靠近，他们紧急联系入海人员，但最终发生了惨剧，海底监测人员被鲨鱼所食。六个月后，在墨西哥靠近太平洋的海岸港口附近，鲨鱼又出现了，人们并不知情。一个爱好潜水的年轻人在海水中发现了一枚鲨鱼的牙齿。这枚牙齿引起了年轻人的兴趣，他开始寻找相关的资料。而鲨鱼真的会再次出现在墨西哥的港口吗？人们的生命将会受到威胁吗？
犹太天才数学家马克西·米利安·科恩（希恩·格莱特 Sean Gullette饰）痴迷沉醉于数字的世界，他认为一切自然界的事物都可以用数字解释。他潜心研究，试图透过数字推演出种种生命迹象背后的奥秘和规律。可越是逼近答案，他越是无法忍受致命的头痛。他发现了过去十年来股票市场的混乱波动，其实是由背后的一套数学模式在操纵。与此同时，他的研究引来了华尔街股票市场的炒家们和犹太神秘教派的注意。在介乎真实与虚拟的世界中，马克西正在走向疯狂。 1996年2月，阿伦诺夫斯基开始筹备这部成本只有六万美元的长片处女作。两年后，《死亡密码》以其新颖的创意和崭新的拍摄手法，一鸣惊人。先是斩获圣丹斯电影节的导演奖，翌年又摘得独立精神奖的最佳编剧处女作奖。2000年，他再次自编自导了《梦之安魂曲》，也赢得了不错的反响。2005年，他还入围“最需要关注的好莱坞100人”。
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
未来的世界，人类已能轻松穿梭于星际之间，在太空中展开商业活动。“诺史莫”是在太空活动的众多星际商业运输船之一。一次，它完成任务满载太空矿石返航地球时，突然收到了一组奇怪的信号，由于这可能是求救信号，飞船接到指令前往信号源地进行搜救。 经过一段飞行后，飞船终于抵达信号源发出的地方。船员们发现此处果然有一艘坠毁的飞船，只是，经过一番搜索，他们发现该船的船员们都早已死亡，化为化石。此时，留在“诺史莫”号的第三指挥官里普利已经破译出该信号并不是求救信号，而是警告信号！队员的生死搏斗开始了！
故事重返上世纪90年代，终极反派宇宙大帝（科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音）从天而降，驱使以天灾（彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音）为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中，蛰伏许久的巨无霸终觉醒，联合汽车人变形出发，一场前所未有的决战即将上演。
柯楠为财团大佬效力多年，是其颇为信任的保镖。然而为了与妻子回家乡过安稳日子，他不惜递交辞呈，背上叛徒的罪名。柯楠满心期待与妻子开始新的生活，怎料在一个深夜，妻子被三个穿着长袍的神秘人绑架，他不顾一切想要阻止，但发生在眼前的一连串怪异现象让他无能为力。在城市的另一个角落，格斗专家奎因的爱女离奇失踪，他从三个神秘人手中死里逃生，却不知为何被传送到一个陌生的地方，甚至失去记忆，流落精神病院。在潘医生的帮助下，奎因逐渐找回记忆的碎片，并遇到同样在打探家人下落的柯楠。惊人相似的离奇遭遇和解救亲人的决心，让二人决心联手同行。随着调查不断深入，他们发现这一切竟与外星生命有关，而对方的真实目的，令人胆寒。
