故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……
人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着光芒的东西，以及沉睡在其中的少女图拉（宫崎葵 配音），阿基德唤醒了沉睡的图拉，交谈中得知她是三百年前的人类。“中立都市”的人们十分友好的款待着图拉，但森林却像怪兽一样对她展开了攻击。就在此时，与森林敌对的都市“莱克那”来了一个自称来自过去的男人修那克（远藤宪一 配音），声称图拉是让世界恢复的关键，这究竟是怎么一回事呢？等待这他们的宿命又是什么……
女子中学生サッカープレイヤー・ 恩田希は、 誰よりも練習し、誰よりも努力してきた。 それでも、彼女は試合になかなか出してもらえなかった。 藤第一中学校、男子サッカー部──。 それが、彼女の今いるフィールドだ。 中学2年生となった希は、監督に「新人戦の1回戦に出たい！」と何度も願う。 その理由は、対戦相手にあった。 一緒にサッカーを続け、小学4年生で転校していった、 幼馴染の“ナメック” 谷安昭がいる、江上西中学校なのだ。
故事承接第一部结尾，自从森林王子莫格利（海利·乔·奥斯蒙 Haley Joel Osment配音）认识了人类女孩珊迪（梅·惠特曼 Mae Whitman配音），便随她一同居住在人类村庄中。然而离开丛林生活的莫格利，却在新的环境里异常想念他的动物朋友们，尤其是待他非常好的黑熊巴洛（约翰·古德曼 John Goodman配音）。来自远方森林的召唤，让莫格利决定重新回到森林的怀抱中去。然而从前自由自在的森林生活，此刻却变得危机重重。老冤家老虎希瑞·坎（托尼·杰伊 Tony Jay配音）正在酝酿一场复仇计划。 由迪斯尼公司卡通片导演斯蒂夫·特伦伯斯执导的卡通片《森林王子2》，依旧保持着迪斯尼卡通片一贯轻松诙谐的风格笔调。著名童星海利·乔·奥斯蒙特是第四次为迪斯尼的卡通片配音，而倍受好评的配音演员约翰·古德曼此次更是倾情献声。流畅的故事情节，鲜活的人物角色，以及精美的配乐音效，《森林王子2》再次为您打造一场充满着纯真和关爱的丛林冒险故事。
缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
椿的身影消失，取回平稳的日子后没过多久——突然，街上下起了不合季节的雪。 想到这一异常气象说不定与吸血鬼有关的真昼，也为了集合主人们，而对“色欲”的主人·有栖院御园说起此事。 但，他从御园那里得到了“由于现在自己无法行动，因此之后再会合”这种难得的含糊不清的回答。 随后，在由于之后没能与御园取得联络而感到担心的真昼等人面前，御园的哥哥御国出现了。 ——有栖院家一心隐藏的，有关“色欲”与“嫉妒”的过去。御园被封印的记忆，于今解明。
