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哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死亡，于是白神博士便加入ANB计划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物结合制造了不死植物碧奥兰蒂，但是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此时三原山爆炸，哥斯拉再度出现，自卫队无法阻挡哥斯拉 往东京方向移动，后来出动了"Super X2"使哥斯拉改变移动方向，但是在哥斯拉不间断的攻击之下"Super X2也败下阵来，但是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的所在地移动.....
日本珠宝商人山本（岳华 饰）在东京举行珠宝展览会期间遭到雌雄大盗中川和西协美智子的血腥洗劫，警官藤冈弘的助手在枪战中身亡。在此之后中川和西协赶赴香港，准备采购军火支持日本赤军的运动。得知消息的藤冈亦尾随来港，香港警方派出阿丽（杨丽菁 饰）接机，同期山本也抵达香港。藤冈埋怨香港警方办事不力，在酒吧中偶遇西协，引发枪战，造成数人死亡。被港警扣留准备遣返日本的藤冈设法逃出，追至山本住处，雌雄大盗尾随前来。双方发生新一轮的火拼……
兵王秦阳未婚妻叶沁遭遇未知巨兽惨死。顾平邀请他参与叶沁生前科研。但顾平却在利用叶沁的研究成果背地里结合未知巨兽的基因，造出“零号”龙形生物。富有智慧的龙形生物，再加上靠吞噬进化的域外巨兽，城市大战，一触即发……
退休雇佣兵老板（汉斯）戴了绿帽子，伪造老婆被奸杀，8岁女儿被绑架。找旧部下格斯帮忙，其实是想杀光旧部下。格斯之前和他妻子有一夜情（没结婚之前）。格斯召集6个队友一起寻找小姑娘，最后7人队死了5个，最终挫败了汉斯的阴谋。打斗还行。
在IPSC实战射击赛中，警员庄子维（吴彦祖 饰）打破了赛会纪录，但新纪录很快被香港基金经理关友博（古天乐 饰）改写，后者夺魁。赛后，关友博巧遇蒙面歹徒打劫解款车，解款员被歹徒打死。此时，一个交通警（连凯 饰）路过，被歹徒打伤。为救人，关友博击毙了4名劫匪，并报警。另一歹徒落荒而逃，同时4亿美元债券遭抢。交警获救，护理他的是关有博的女友（蔡卓妍 饰）。因非法持枪伤人，关友博被拘。庄子维审问时发现对方超常冷静。面对检方控诉，关友博沉着应对，结果当庭获释。女上司（李冰冰 饰）接他回家，但他对她的殷勤并不领情。关友博的账户存在资金周转问题，他正想方设法拖延还款时间。庄子维在查案中毫无头绪，于是请教老枪王（方中信 饰），从对话中，他似乎嗅到了关键性的线索……
