地球上大批儿童的下落不明，引起了社会的极度恐慌，相关组织积极展开调查却一无所获，就在众人一筹莫展之际，神秘组织“天安基金会”出现，派出马天马与李昂秘密调查此事。两人虽成功破获了多起儿童失踪案，保护了社会安宁，但令二人没想到的是，这仅仅是外星生物组织“安妮会”邪恶计划的第一步。打开异次元虫洞，召唤出强大的外星生物“瓦苏恩”，并协助“瓦苏恩”攻占地球，才是他们的最终目的。为了摧毁外星物种的侵略计划，马天马决定深入敌方老巢——“魔方城”。与大多以“打开未知世界探索秘密”为主线的科幻影片不同，《猎杀外星人》在现实世界与幻境之中勇于面对种种“不美好”，敢于揭露阴暗之欲。影片将故事背景设定在了千万年后的未来世界，光阴流转，时代更迭，可即便是在遥远的未来，人性未变，黑暗犹在，欲望更深。隐藏于地球的外星生物组织“安妮会”是对黑暗势力企图摧毁世界的贪念的披露，以“儿童失踪案”为故事导火索则影射了社会尚存险恶，告诫众人应提高危机意识，心存善念，共同维护社会的和谐安定。
