20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた。 そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの記憶から辿ることから始まる。
十二番队技术开发局副局长涅茧利（中尾隆圣 配音）在实验过程中遭到莫名袭击，进而导致他狂性大发，摧毁实验设备，引发巨大爆炸，致令静灵庭严重受损。与此同时，黑崎一护（森田成一 配音）感知到尸魂界的巨变，他从浦原喜助（三木真一郎 配音）口中得知事件始末，于是决定动身前往尸魂界。然而，尸魂界的死神们似乎丧失了关于一护和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）的记忆，全都将矛头对准一护，昔日的好友变成了刀剑相向的敌人。另一方面，露琪亚也变得行踪不明。各种奇怪的事情相继发生，静灵庭巨变的背后究竟隐藏着怎样的秘密？ 本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第三部剧场版。
动画分为三个短篇。 《一碗乡愁》：青年小明（坂泰斗 配音）独自一人离开故乡来到大城市北京打拼，掐指一算，他已经很久没有回去过了。某日，小明拖着疲惫的身躯去往上班的路上，忽然怀念起了家乡的味道。往事伴随着思念渐渐浮现。 《霓裳浮光》：依琳（寿美菜子 配音）和璐璐（白石晴香 配音）是两个生活在广州的年轻女孩，无依无靠的她们相互扶持，将彼此视为自己的亲人。依琳曾经是一名红极一时的人气模特，但现如今，她能够很明显的感觉到自己的事业正在走下坡路。巨大的压力之下，她只有将情绪发泄到离自己最近的璐璐的身上，两人之间产生了隔阂。 《纤雨初晴》：故事发生在1990年代的上海，李墨（大冢刚央 配音）和夏小雨（长谷川育美 配音）是青梅竹马的玩伴，两人的友谊一直持续到了中学时代。然而，当李墨离开了故乡去别的城市上学之后，这段友谊便画上了句点。
女子中学生サッカープレイヤー・ 恩田希は、 誰よりも練習し、誰よりも努力してきた。 それでも、彼女は試合になかなか出してもらえなかった。 藤第一中学校、男子サッカー部──。 それが、彼女の今いるフィールドだ。 中学2年生となった希は、監督に「新人戦の1回戦に出たい！」と何度も願う。 その理由は、対戦相手にあった。 一緒にサッカーを続け、小学4年生で転校していった、 幼馴染の“ナメック” 谷安昭がいる、江上西中学校なのだ。
缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
椿的身影消失，取回平稳的日子后没过多久——突然，街上下起了不合季节的雪。 想到这一异常气象说不定与吸血鬼有关的真昼，也为了集合主人们，而对“色欲”的主人·有栖院御园说起此事。 但，他从御园那里得到了“由于现在自己无法行动，因此之后再会合”这种难得的含糊不清的回答。 随后，在由于之后没能与御园取得联络而感到担心的真昼等人面前，御园的哥哥御国出现了。 ——有栖院家一心隐藏的，有关“色欲”与“嫉妒”的过去。御园被封印的记忆，于今解明。
