随着城市发展，麦兜住的旧区大脚咀也卷入了拆迁漩涡。不过无忧无虑的麦兜从来不会去考虑拆迁对他意味着什么，春田花花幼稚园又开学了。为了适应激烈的社会竞争，春天花花幼稚园也加入很多令人捧腹的新课程：耍赖、诈死等等。麦太在樟木头买了块墓地，为了日后能有个安身之所。时光飞逝，一切又回到了从前，回到了麦兜的父亲菠萝油王子的时代。王子跟随着师傅出行，不料遇到了一连串怪事，王子不再是王子，有人变成了他的样子回去当了王子。浑浑噩噩的菠萝油认识了阿莲——以后的麦太，过着平平凡凡、庸庸碌碌的生活，只是在夜里，菠萝油偶然会想起他的王国、眼里会呛着泪花。阿莲怀孕了，菠萝油重遇了以前送薄饼的龟仔、一起出行的师傅，他们决定回去复国了。于是菠萝油告别了阿莲，告诉他如果明天听不到一个王子复国的新闻，那就永远忘了他…
人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着光芒的东西，以及沉睡在其中的少女图拉（宫崎葵 配音），阿基德唤醒了沉睡的图拉，交谈中得知她是三百年前的人类。“中立都市”的人们十分友好的款待着图拉，但森林却像怪兽一样对她展开了攻击。就在此时，与森林敌对的都市“莱克那”来了一个自称来自过去的男人修那克（远藤宪一 配音），声称图拉是让世界恢复的关键，这究竟是怎么一回事呢？等待这他们的宿命又是什么……
十二番队技术开发局副局长涅茧利（中尾隆圣 配音）在实验过程中遭到莫名袭击，进而导致他狂性大发，摧毁实验设备，引发巨大爆炸，致令静灵庭严重受损。与此同时，黑崎一护（森田成一 配音）感知到尸魂界的巨变，他从浦原喜助（三木真一郎 配音）口中得知事件始末，于是决定动身前往尸魂界。然而，尸魂界的死神们似乎丧失了关于一护和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）的记忆，全都将矛头对准一护，昔日的好友变成了刀剑相向的敌人。另一方面，露琪亚也变得行踪不明。各种奇怪的事情相继发生，静灵庭巨变的背后究竟隐藏着怎样的秘密？ 本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第三部剧场版。
动画分为三个短篇。 《一碗乡愁》：青年小明（坂泰斗 配音）独自一人离开故乡来到大城市北京打拼，掐指一算，他已经很久没有回去过了。某日，小明拖着疲惫的身躯去往上班的路上，忽然怀念起了家乡的味道。往事伴随着思念渐渐浮现。 《霓裳浮光》：依琳（寿美菜子 配音）和璐璐（白石晴香 配音）是两个生活在广州的年轻女孩，无依无靠的她们相互扶持，将彼此视为自己的亲人。依琳曾经是一名红极一时的人气模特，但现如今，她能够很明显的感觉到自己的事业正在走下坡路。巨大的压力之下，她只有将情绪发泄到离自己最近的璐璐的身上，两人之间产生了隔阂。 《纤雨初晴》：故事发生在1990年代的上海，李墨（大冢刚央 配音）和夏小雨（长谷川育美 配音）是青梅竹马的玩伴，两人的友谊一直持续到了中学时代。然而，当李墨离开了故乡去别的城市上学之后，这段友谊便画上了句点。
女子中学生サッカープレイヤー・ 恩田希は、 誰よりも練習し、誰よりも努力してきた。 それでも、彼女は試合になかなか出してもらえなかった。 藤第一中学校、男子サッカー部──。 それが、彼女の今いるフィールドだ。 中学2年生となった希は、監督に「新人戦の1回戦に出たい！」と何度も願う。 その理由は、対戦相手にあった。 一緒にサッカーを続け、小学4年生で転校していった、 幼馴染の“ナメック” 谷安昭がいる、江上西中学校なのだ。
距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
在美丽的阿斯卡岛上，流传着这样一个传说：数千年前，岛民极为害怕红色满月的出现。为了消除恐慌，神赐予岛上的国王盾牌和七星剑，然而当七星剑和红色满月同时出现时，黑暗便会支配整个大地。 暂时落脚阿斯卡岛的草帽海贼团遭到海军追捕，而此时原本守护船只的索隆却离奇消失。在娜美的坚持下，众人重返小岛，却来到一个陌生所在，继而遇见持有三颗美玉的美丽少女玛雅。另一方面，索隆在岛上的海军道场重逢当年的盟友萨卡。由于玛雅的关系，索隆和香吉士大打出手。而这一切，都和萨卡手中持有的七星剑有关。这把传说中的宝剑，其所隐藏的秘密渐渐浮出水面……
由于不堪忍受老师和妈妈的责骂，大雄决定实施第n次出走计划。与此同时，胖虎、小夫、静香也因为各种各样的原离家出走。小伙伴们凑在一起，但拥挤狭窄的现代都市没有他们的立锥之地。在哆啦A梦的帮助下，他们乘坐时光机来到7万年前的日本。当时这片土地上渺无人烟，绿草晴空，空气清新。小伙伴们展开想象，营造属于自己的快乐家园。 偶然间，他们遇到从远古穿越时空来到现代的中国少年克克鲁。克克鲁生在爱好和平的光明族，他们这一族被凶恶残暴的黑暗族袭击，克克鲁则恰巧碰到时空乱流来到现代。大雄他们将克克鲁带到7万年前的日本，小伙伴们同情这个男孩的遭遇，决定帮助他打败黑暗族，拯救族人……
某天，大雄（大原惠美 配音）偶然发现了童年时奶奶为自己缝制的玩偶熊，于是央求哆啦A梦（水田山葵 配音）去往过去看望已不再人世的奶奶（宫本信子 配音），大雄与奶奶重逢之后，奶奶希望能看到大雄长大结婚时的样子，答应奶奶的大雄与哆啦A梦则再一次的返回了未来，婚礼如期举行的那天，所有人都到了场，但最重要的新郎成年大雄（妻夫木聪 配音）居然不在现场，情急之下，哆啦A梦让大雄假扮成年时的自己与静香结婚（嘉数由美 配音），然而真正的成年大雄究竟去了哪里呢？
