人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着光芒的东西，以及沉睡在其中的少女图拉（宫崎葵 配音），阿基德唤醒了沉睡的图拉，交谈中得知她是三百年前的人类。“中立都市”的人们十分友好的款待着图拉，但森林却像怪兽一样对她展开了攻击。就在此时，与森林敌对的都市“莱克那”来了一个自称来自过去的男人修那克（远藤宪一 配音），声称图拉是让世界恢复的关键，这究竟是怎么一回事呢？等待这他们的宿命又是什么……
动画分为三个短篇。 《一碗乡愁》：青年小明（坂泰斗 配音）独自一人离开故乡来到大城市北京打拼，掐指一算，他已经很久没有回去过了。某日，小明拖着疲惫的身躯去往上班的路上，忽然怀念起了家乡的味道。往事伴随着思念渐渐浮现。 《霓裳浮光》：依琳（寿美菜子 配音）和璐璐（白石晴香 配音）是两个生活在广州的年轻女孩，无依无靠的她们相互扶持，将彼此视为自己的亲人。依琳曾经是一名红极一时的人气模特，但现如今，她能够很明显的感觉到自己的事业正在走下坡路。巨大的压力之下，她只有将情绪发泄到离自己最近的璐璐的身上，两人之间产生了隔阂。 《纤雨初晴》：故事发生在1990年代的上海，李墨（大冢刚央 配音）和夏小雨（长谷川育美 配音）是青梅竹马的玩伴，两人的友谊一直持续到了中学时代。然而，当李墨离开了故乡去别的城市上学之后，这段友谊便画上了句点。
正在读初三的月岛雯是一个喜欢看书的女孩，她每次都能在借书卡上看到一个叫天泽圣司名字，因此她对这个人充满了好奇。 雯一直喜欢写诗，有一天她跟好友夕子在讨论写诗的事，夕子告诉雯自己收到了情书，但事实上夕子已有了喜欢的人。更没有想到的是，夕子喜欢的杉村喜欢的是雯，雯一时间感到十分困惑。 雯无意中来到了一个小店，原来店主是圣司的爷爷。认识了圣司之后，听到了圣司对自己理想的追求之后，也激发了雯对自己理想的追求之念。当圣司离开了到意大利学习做小提琴时，雯决定要专心写作。当雯完成了作品之后，她发现原来自己高估了自己，就这样她选择继续考高中，这时她非常想念圣司。 一天凌晨，她站到窗边，突然看到了一个熟悉的身影……
距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
椿的身影消失，取回平稳的日子后没过多久——突然，街上下起了不合季节的雪。 想到这一异常气象说不定与吸血鬼有关的真昼，也为了集合主人们，而对“色欲”的主人·有栖院御园说起此事。 但，他从御园那里得到了“由于现在自己无法行动，因此之后再会合”这种难得的含糊不清的回答。 随后，在由于之后没能与御园取得联络而感到担心的真昼等人面前，御园的哥哥御国出现了。 ——有栖院家一心隐藏的，有关“色欲”与“嫉妒”的过去。御园被封印的记忆，于今解明。
