CIA探员Palmer与Gagano受命摧毁名为“苏联”的电脑病毒。两人通过VR进入设备,但却发现这次的任务是一个陷阱。
上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
未来的世界,人类已能轻松穿梭于星际之间,在太空中展开商业活动。“诺史莫”是在太空活动的众多星际商业运输船之一。一次,它完成任务满载太空矿石返航地球时,突然收到了一组奇怪的信号,由于这可能是求救信号,飞船接到指令前往信号源地进行搜救。 经过一段飞行后,飞船终于抵达信号源发出的地方。船员们发现此处果然有一艘坠毁的飞船,只是,经过一番搜索,他们发现该船的船员们都早已死亡,化为化石。此时,留在“诺史莫”号的第三指挥官里普利已经破译出该信号并不是求救信号,而是警告信号!队员的生死搏斗开始了!
故事重返上世纪90年代,终极反派宇宙大帝(科尔曼·多明戈 Colman Domingo 配音)从天而降,驱使以天灾(彼特·丁拉基 Peter Dinklage 配音)为首的恐惧兽掀起地球危机。绝境之中,蛰伏许久的巨无霸终觉醒,联合汽车人变形出发,一场前所未有的决战即将上演。
柯楠为财团大佬效力多年,是其颇为信任的保镖。然而为了与妻子回家乡过安稳日子,他不惜递交辞呈,背上叛徒的罪名。柯楠满心期待与妻子开始新的生活,怎料在一个深夜,妻子被三个穿着长袍的神秘人绑架,他不顾一切想要阻止,但发生在眼前的一连串怪异现象让他无能为力。在城市的另一个角落,格斗专家奎因的爱女离奇失踪,他从三个神秘人手中死里逃生,却不知为何被传送到一个陌生的地方,甚至失去记忆,流落精神病院。在潘医生的帮助下,奎因逐渐找回记忆的碎片,并遇到同样在打探家人下落的柯楠。惊人相似的离奇遭遇和解救亲人的决心,让二人决心联手同行。随着调查不断深入,他们发现这一切竟与外星生命有关,而对方的真实目的,令人胆寒。