随着城市发展，麦兜住的旧区大脚咀也卷入了拆迁漩涡。不过无忧无虑的麦兜从来不会去考虑拆迁对他意味着什么，春田花花幼稚园又开学了。为了适应激烈的社会竞争，春天花花幼稚园也加入很多令人捧腹的新课程：耍赖、诈死等等。麦太在樟木头买了块墓地，为了日后能有个安身之所。时光飞逝，一切又回到了从前，回到了麦兜的父亲菠萝油王子的时代。王子跟随着师傅出行，不料遇到了一连串怪事，王子不再是王子，有人变成了他的样子回去当了王子。浑浑噩噩的菠萝油认识了阿莲——以后的麦太，过着平平凡凡、庸庸碌碌的生活，只是在夜里，菠萝油偶然会想起他的王国、眼里会呛着泪花。阿莲怀孕了，菠萝油重遇了以前送薄饼的龟仔、一起出行的师傅，他们决定回去复国了。于是菠萝油告别了阿莲，告诉他如果明天听不到一个王子复国的新闻，那就永远忘了他…
人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着光芒的东西，以及沉睡在其中的少女图拉（宫崎葵 配音），阿基德唤醒了沉睡的图拉，交谈中得知她是三百年前的人类。“中立都市”的人们十分友好的款待着图拉，但森林却像怪兽一样对她展开了攻击。就在此时，与森林敌对的都市“莱克那”来了一个自称来自过去的男人修那克（远藤宪一 配音），声称图拉是让世界恢复的关键，这究竟是怎么一回事呢？等待这他们的宿命又是什么……
正在读初三的月岛雯是一个喜欢看书的女孩，她每次都能在借书卡上看到一个叫天泽圣司名字，因此她对这个人充满了好奇。 雯一直喜欢写诗，有一天她跟好友夕子在讨论写诗的事，夕子告诉雯自己收到了情书，但事实上夕子已有了喜欢的人。更没有想到的是，夕子喜欢的杉村喜欢的是雯，雯一时间感到十分困惑。 雯无意中来到了一个小店，原来店主是圣司的爷爷。认识了圣司之后，听到了圣司对自己理想的追求之后，也激发了雯对自己理想的追求之念。当圣司离开了到意大利学习做小提琴时，雯决定要专心写作。当雯完成了作品之后，她发现原来自己高估了自己，就这样她选择继续考高中，这时她非常想念圣司。 一天凌晨，她站到窗边，突然看到了一个熟悉的身影……
距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
君主制国家威斯帕尼亚王国因发现奇妙的矿石而引起世界关注，然而此时却发生悲惨事件，该国女王萨克拉•阿尔蒂亚和王子吉尔•加乌尔突发意外身亡。公主米拉•朱丽叶拒绝继承王位，与此同时国内也掀起反对米拉合要求取消君主制的狂潮。在这种纷乱的情况下，米拉和奇斯伯爵出访日本。在公主的欢迎宴会上，米兰险遭暗算，无法忍受这一切的她偷偷逃了出去，却在日本街头遭遇与自己长相一样的小兰，渴望正常人生活的米拉于是和小兰互换了身份。倍感蹊跷的柯南偷偷展开调查，而另一方面，大盗鲁邦三世潜入威斯帕尼亚企图偷窃该国世代相传的钻石王冠。事态变得混乱起来…… 本片为日本电视台开播55周年和读卖电视台开播50周年共同纪念作品。
椿的身影消失，取回平稳的日子后没过多久——突然，街上下起了不合季节的雪。 想到这一异常气象说不定与吸血鬼有关的真昼，也为了集合主人们，而对“色欲”的主人·有栖院御园说起此事。 但，他从御园那里得到了“由于现在自己无法行动，因此之后再会合”这种难得的含糊不清的回答。 随后，在由于之后没能与御园取得联络而感到担心的真昼等人面前，御园的哥哥御国出现了。 ——有栖院家一心隐藏的，有关“色欲”与“嫉妒”的过去。御园被封印的记忆，于今解明。
由于不堪忍受老师和妈妈的责骂，大雄决定实施第n次出走计划。与此同时，胖虎、小夫、静香也因为各种各样的原离家出走。小伙伴们凑在一起，但拥挤狭窄的现代都市没有他们的立锥之地。在哆啦A梦的帮助下，他们乘坐时光机来到7万年前的日本。当时这片土地上渺无人烟，绿草晴空，空气清新。小伙伴们展开想象，营造属于自己的快乐家园。 偶然间，他们遇到从远古穿越时空来到现代的中国少年克克鲁。克克鲁生在爱好和平的光明族，他们这一族被凶恶残暴的黑暗族袭击，克克鲁则恰巧碰到时空乱流来到现代。大雄他们将克克鲁带到7万年前的日本，小伙伴们同情这个男孩的遭遇，决定帮助他打败黑暗族，拯救族人……
