故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
在剧中，原来砍伐树木的光头强变身成为一名导游，在熊大、熊二的帮助下，去往森林深处找寻儿时玩伴东北虎，但不料森林里蜘蛛、毒蛇、反派与陷阱等危机四伏，让找寻变得困难重重，而新加入的女性角色鬼马精灵赵琳，又让这段冒险旅程更加刺激精彩。众人齐心协力，在艰难险阻中一路向前，给人以出乎意料的想像空间与观看感受。
《疯狂动物城：动物城日与夜》四支短片将延续《疯狂动物城》的故事背景，将深入人心的动物角色们置于与当代中国年轻群体息息相关的生活场景，以一天的时间为序，勾勒出一组妙趣横生的生活切片：早晨，在吴文聪导演的偶（定格）动画作品《对暗“耗”》中，坐观大先生与神秘的商业伙伴上演一场雪中趣晤；午后，跟随范雯导演的水墨动画《“豹”好吃》，体验豹警官在水墨画卷中开启充满诗意的饕餮之旅；傍晚，刘琥导演将以二维动画《拼“爪”速》，呈现两位超级粉丝的“抢票大战”；深夜，陈莲华导演的剪纸动画《睡了“咩”》则会让羊副市长“花式”对抗失眠的一连串趣事跃然“纸”上。四位导演将以各具匠心的艺术语言，呈现一个令人既亲切又耳目一新的疯狂动物城，尽显动画的独特魅力与蓬勃想象。
