故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
当无妄游戏降临，城市沦为一场场生死智斗的战场，每个居民都成为了不断殒命的棋子。脖子上的锁链，血液里的炸弹，脚下的刀锋，不断迫近的倒计时，你死我活的困兽之斗，武力的交锋、智慧的碰撞、异能的对决，每一秒都是生存意志的无尽考验。我这个从小洞悉了解人性争斗密码的千门传人，却不停遭遇他人的陷害。
「……我没有名字。一片空无。你叫什么名字？」「我的名字是时崎狂三。」 失忆少女「空无」在所谓邻界之地清醒，邂逅了时崎狂三。 她跟着狂三来到一所学校，里面聚集了一群被称为准精灵的少女。 为了互相厮杀而齐聚一堂的十名少女，以及空空如也的校外人士少女。 「我是狂三的同伴兼诱饵……诱饵吗！」「是啊，不想当诱饵的话，虏饵也行。」 「不是一样的意思吗！」这是独树一格的时崎狂三另类故事。 好了——开始我们的新战争（DATE）吧。
在距离东京南部一千公里的小宅岛上，一家豪华酒店将迎来开业一周年的庆典，届时会场将展出名贵的钻石阿缇密斯之泪。理所当然，这颗钻石吸引了怪盗基德的注意，他再次发出盗窃预告。虽然中森警部作了周密部署，却依然防不胜防，阿缇密斯之泪最终失窃。与此同时，柯南、小兰等人也受铃木园子之邀参加了酒店的周年庆典。中森警部的出现引起柯南警觉，他继而发现基德的计划。 狡猾的基德接连逃脱中森警部和柯南的围阻，不过却在少年侦探三人组元太、步美、光彦的面前大失身手，还暴露了真容，不过却被步美他们认作新一。另一方面，丢失了钻石的酒店方似乎另有企图……
