在第二次新吉翁战争、别名‘逆袭的夏亚’终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。和地球联邦政府有秘密协议，并依此发展的‘毕斯特财团’打算将过去用以威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“袖章”。
五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。
那个蓝发的，优秀的少女朝比奈凉风（三桥加奈子 配音）一直都萦绕在秋月大和（中村太亮 配音）的记忆中挥之不去。为了接近凉风，从来没有经受过训练的大和加入了学校的田径社。然而，入社后，大和展现出的优秀素质让众人都眼前一亮，唯有凉风对此不置一词。在凉风眼里，这一切都是大和为了吸引自己的目光而玩弄的花招而已。 对于爱情，凉风曾经有过一段凄惨的回忆，这让她在对待大和的追求时，一直持有着冷漠的态度。但是，随着时间的推移，当大和一次次的打破自己的短跑记录时，凉风渐渐发现，这个曾经莽撞轻狂的男孩，如今已经成长成为了值得信赖的少年。
古海在灵池内疗伤，被蛊虫迷惑心志，差点被控制的时候，小柔突然冲出来挡住蛊虫的侵蚀。被蛊虫报复的小柔遭遇到巨大的冲击，体内的能量突然爆发，灵力大散，小柔受了重伤。古海从幻境中醒来，发现受伤昏迷的小柔被蛊虫包围，立刻帮助小柔驱散蛊虫。感到心痛的古海决心一定要救活小柔，他不能再面对第二个为他而死的女人了。然后怜生大师为救POPO体力大失，也无法救助伤重的小柔。情急之下，只有抢蟠桃的办法了。于是四人小分队又面临与九公子大战的情境。结果，奕天阁发动了阻止蟠桃被抢的反攻，邪恶的蟠桃树散发出吸食人血的阴暗魔力，无数修仙者都丧命在去蟠桃的路上。古海一行人发现了蟠桃的机密，决心救助小柔后破坏这个邪恶的地方。在于九公子的大战中，三人接连受重伤，千钧一发之际，POPO爆发出了强大的能力，与九公子最终厮杀。然后在战事焦灼的时候，被小柔灵力吸引来的大明王神和陈太极一直在高处观战，他们也在伺机抢走蟠桃，而且他们想要的，也远远不止蟠桃那么简单…
