因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
外表纯良的少年美里优（泷本富美子 配音）自幼便失去了双亲，这么多年来，坚强的优一直都乐观的独自生活着。在一次公车劫匪事件中，优与名叫安藤麻幌（川澄绫子 配音）的少女相遇了，而巧合的是，后者正是准备到优家里应聘的女佣。于是，优和麻幌的同居生活就这样快乐的开始了。 有了麻幌的陪伴，优不再感到寂寞，而两人之间，渐渐的萌生出了超越主仆的感情。虽然身为老师的式条（高田由美 配音）和流河涛（子安武人 配音）经常给优制造着各种各样的麻烦，但打打闹闹的日子依然充满了欢笑。而就在这样的欢乐时刻，优才知道，麻幌曾是作为战士而被制造出来的机器人，而大限将至的她似乎和父母的死亡有着某些关联。
居于轩辕宫的青云帝无意中惹恼水灵，人间洪水泛滥，青云帝选出人间十二种动物为生肖，救百姓于水火之中。经过重重遴选，鼠、牛、虎、兔、龙、蛇、马、羊、猴、鸡、狗、猪十二种动物荣幸当选为十二生肖，飞升天庭，谁知动物们难守天庭清规，闯下大祸，被玉帝贬下凡间。子鼠以十二生肖之首的身份踏上漫漫长路，在将其他生肖聚集身边的同时，也取得了人类的信任，最后，十二生肖齐心协力，以人类守卫者的身份与洪水猛兽决一死战，青云帝、民间百姓，各路动物纷纷前来相助，最终取得胜利，完成试炼，十二生肖众心合一，回到天庭顺利归位。
