斯图威劝布莱恩慢慢和新女友发展，但她却不耐烦地和克利夫兰勾搭上了。布莱恩随后试图让克利夫兰和他的前妻洛雷塔复合，以摆脱他。
明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。 当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
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五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。
晴朗明媚的一天，艾米（金元寿子 配音）在基地中向雷德（石川界人 配音）以及其他人讲解运送物资的重要性，其间提到任务失败就会变成废墟船甚至幽灵船的可怕结果，吓坏了在场的许多人，而雷德对“幽灵”似乎全然没有概念。正所谓说曹操曹操到，一组大型的废墟船团出现在基地附近。丽姬朵（大原沙耶香 配音）、贝露丝（伊藤静 配音）、皮尼欧（小西克幸 配音）、雷德以及艾米登上船团调查。皮尼欧趁机举行试胆大会，要好好吓吓雷德和艾米两人。另一边，废墟船团似乎触动了丽姬朵的心弦，她娓娓向贝露丝讲述了一段青葱往事…… 本片为同名TV动画第14集未放送话。
