故事的舞台在现代的东京。在这个世界中魔法使的存在被认为是很普通的事情。只要通过正式的办理手续,谁都可以成为拥有魔法的魔法使。虽然如此,但它和我们所住的世界还是没什么区别的。电视、移动电话、电脑这些东西也都有,汽车也是靠汽油开动的.为了营造画面真实感,片中的场景就像建筑广告,而熙来攘往的人群、电车,都与现实世界无二
这里是,“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏,在那之后过了10年—— 新的“人”之王袭击“神”之神殿,攻陷“魔”之国度。 从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展,王都为“人”带来了财富。 作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”,以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 在逐渐失去均衡的世界中,“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故,芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
西暦1997年、練馬区に住む五十嵐兄弟の前に二人の女性が降って来る。彼女達は電次元から来たルーチンという存在で、その使命は電次元のルールに則り互いに競って勝者が地球征服するということだった。二人は五十嵐兄弟をゲームの観客兼ゲーム後のパートナーとして選ぶが、五十嵐淑を巻き込んで傷つけてしまいルールを侵してしまう。コンパイラはアセンブラとのゲームと無関係に地球征服を遂行してルール違反をチャラにしようとするが、ルーチンは水に弱く、雨が降ったために地球征服は失敗。 以降、特に目的もなく五十嵐家に居候しながら、襲ってくる電次元の刺客をあしらいながら適当に暮らすドタバタの日々を送ることになる。