因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
屹立于瑞拉王国中央的魔法学院，是所有孩子们的梦想之地，故事便发生在这所神奇的学院中。森川大法师的女儿美星进入魔法学院学习后，结识了小樱、美烁、明杰、郝男等，大家成为了好朋友一起学习生活。突然有一天，学院里的心石和美星父亲森川大法师一起消失了，为了寻回心石，还父亲清白，美星与伙伴们踏上了寻找之路。
这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年—— 新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。 从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。 作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
樱井雪乃（柚木凉香 配音）和樱井奏（生天目仁美 配音）是一对双胞胎，两人自打出生起就从来没有分开过，彼此间的关系之亲密可想而知。如今，升上高中的两人依然享受着充满了平静和幸福的“二人世界”，哪知道，一个名叫神山咲夜（加藤英美里 配音）的女孩子的出现将姐妹两人的日常生活给 搅乱了。 奏发现，咲夜似乎和雪乃走得很近，奏误以为两人之间产生了情愫，克制住了内心的失落，奏决定避开雪乃，为他们制造一点私人空间。就这样，一直都是形影不离的姐妹两人渐渐疏远，在此过程中，雪乃终于意识到了自己心中深藏的对于奏的感情，一番波折之后，两人终于互相表白了心意，从此幸福的生活在一起。
魔法世界，托里斯特因魔法学院，年轻人在这里学习魔法课程。 刚刚升入2年级的少女露易兹•德拉•瓦里埃尔因为一直以来施法成功率为0，被大家戏称为“零之露易兹”，她每次施法都无法成功，反而引起爆炸，把学院正常的学习生活搞的一团糟。 这一天，是魔法师一生一次的使魔召唤仪式，召唤的使魔将会与魔法师永远在一起。其他学生都顺利完成了使魔的召唤，而露易兹咒语一出，毫无意外的发生了爆炸。不过，露易兹还是召唤出了一个使魔——一位人类！东京的少年才人竟然来到了魔法世界，并被当作一位使魔！ 不知所措的才人与不把才人当人看的露易兹签订了契约，在这个魔法学院，东京的普通少年才人，他的命运会怎么样呢。
酷爱功夫的热血少年鸡小龙，从小就在自己编织的功夫梦中长大，整日梦想着有朝一日能成为鸡中大侠。一次偶然的机会，鸡小龙进入了咸蛋寺，跟着传说中的“功夫大师”胸大鸡学习功夫，成为了千年大咸蛋的守护者。跟小龙一起习武的还大师兄金刚哥，他威武、冲动，凡事总是冲在最前头。小师妹兔玲珑为人能言善辩，古灵精怪，继承了刺客世家的灵活身手，经常能给敌人出其不意的打击。为人不拘小节的胸大鸡总是胡乱教鸡小龙一些奇怪的武功，闹出许多笑话。三位徒弟在快乐和欢笑中一次又一次的粉碎了咸蛋寺最大的敌人黑鸦帮夺取咸蛋的阴谋。
四年级生小翼从小和父亲相依为命，她生性害羞，一直和同学们格格不入。直到有一天晚上，她看到一艘宇宙飞船从天而降，受伤的外星人及惊吓过度的怪兽出现在她眼前。而更神奇的力量也瞬间发生。小翼从此具有超能力转变成破坏力十足的Fifure17,而当她回到小翼的现实身份时，一个和她长得一模一样的小光从此在她身边出现，她们两人都有能力转变成Figure17，于是，她们对抗外星生物的生涯从此开始了……
