这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
因双亲要在海外出差，所以一人留在日本的主人公以一年为期限住在了舅父的家里。之后转校到八十神高中的他得知一个深夜电视的传言在雨夜的十二时，只要看着关闭着的电视屏上自己的脸，就会浮现出另一个人的映像。主人公与同伴为了确认这一传言是否属实，不料被拉进了异空间，在那里被称为暗影的怪物袭击，与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系，以及避免其他人被卷入该事件，他们组成了特别搜查队展开了战斗。
STORY 曾经能把惑星毁灭的强大力量“ryukan”，追踪着劫走这个力量的恐怖份子的宇宙联邦搜查官巴蒂，在搜查的途中因错误而杀死地球的高中生千川勉。在修复勉被破坏的身体前，她把勉的记忆跟“心”寄存到自己的身体里面。就这样，两个人开始了一时作为正常的高中生，一时却以巴蒂的身份继续进行任务的二心同体生活。在宇宙与地球围绕着“ryukan”的巨大力量，双方思想交错，故事在这巨大的旋涡中进行 正当巴蒂与勉仍然在搜查“ryukan”的同时，却陷入了不能想象的巨大洪流中。 在原作世界观的基础上展开的原创故事，巴蒂与勉的新战斗，现在正式开幕。 STAFF 原作：ゆうきまさみ（小学馆「周刊Young Sunday」连载） 监督：赤根和樹 系列构成：大野木寛 任务设定?总作画监督：りょーちも 机械设定：佐山善則 特殊美术设定：石津泰志 职业设定：コバヤシサバ 色彩设计：木村聡子 美术设定：金平和茂 美术监督：佐藤豪志 摄影监督：葛山剛士 CGI董事：井野元 英二 编集：後藤正浩 音响监督：明田川仁 音乐：菅野祐悟 特别创作人：出渕裕 动画制作：A-1 Pictures CAST 巴蒂·嗣方＝阿尔蒂亚：千葉紗子 千川勉：入野自由 早宫夏美：伊藤かな恵 室戸圭介：藤原啓治 中杉小夜香：坂本真綾 萨塔基德·沙马朗：鈴村健一 卡贝拉·提提斯：名塚佳織
这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年—— 新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。 从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。 作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
很久以前，那还是人类憧憬宇宙，满溢着开拓精神的时代。世界各国在太阳系各行星建设了新的都市，众多的人们在那里安定地度日。 在火星上建造的日本新都道府县之一，“第4东京都”。在这个都市的经济特区“雾科市”有着以航空宇宙事业闻名的超一流企业“雾科公司”。这个公司在各种领域扩展市场，也运营着名为“雾科科学技术学园”的私立学校。仅仅如此便已经很特殊了，但学园内还有着更加大放异彩的班级。白天在学园以学生身份努力学习，放学后以职员身份到公司上班，参与名为发展型试作火箭开发的重要项目。那就是“雾科公司先行技术开发部教育开发室”——通称“A-TEC”。 担任这个部门室长的年轻天才工程师濑良海斗，同时在学校还是A-TEC学生们的担任教师，被亲切（？）地称作热血火箭老师。 故事从转学生转入A-TEC开始。A-TEC迎来了新伙伴，但在前往火星的途中发生了转学生被绑架的事件。能渡过难关的只有自己这些人，如此判断的海斗与A-TEC的成员们一同，展开了前所未闻的救援作战——
《魔女的使命》蓝光附赠品特典。
