在这个世界上有一群人，他们身体上刻有文字“印”，并可以通过念力将“印”转化为超能力施放出来，这种能力被称为言能，而这群人被称为言能师。唯一能够教授这种能力知识的地方，是有着悠久历史，继承了远古文明的万象学城。每一年万象学城都会举办考试，招收有潜力的言能师进入学城学习，并将他们组建成维护世界和平的警卫力量——千从狩。我们的主人公千从虽是个有印无能的哑炮，却也梦想着成为最强的千从狩，并为此进入学城求学，开启了他的不灭人生。
故事的舞台在现代的东京。在这个世界中魔法使的存在被认为是很普通的事情。只要通过正式的办理手续，谁都可以成为拥有魔法的魔法使。虽然如此，但它和我们所住的世界还是没什么区别的。电视、移动电话、电脑这些东西也都有，汽车也是靠汽油开动的.为了营造画面真实感，片中的场景就像建筑广告，而熙来攘往的人群、电车，都与现实世界无二
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
时间是2045年，故事的舞台是日本制造的太空站“安心”，在月球出生的少年“登矢”和儿时玩伴“心叶”为了移居地球而在太空站进行复健，但他们却和首次到宇宙旅行的地球孩子“大洋”、“美衣奈”、“博士”一同被卷入了太空站与彗星的冲撞事故。在与大人们隔绝，网络也被切断的封闭空间中，时而冲突、时而互助的孩子们，必须共同面对减压、EVA（宇宙游泳）、微型机械失控等种种困难。
西暦1997年、練馬区に住む五十嵐兄弟の前に二人の女性が降って来る。彼女達は電次元から来たルーチンという存在で、その使命は電次元のルールに則り互いに競って勝者が地球征服するということだった。二人は五十嵐兄弟をゲームの観客兼ゲーム後のパートナーとして選ぶが、五十嵐淑を巻き込んで傷つけてしまいルールを侵してしまう。コンパイラはアセンブラとのゲームと無関係に地球征服を遂行してルール違反をチャラにしようとするが、ルーチンは水に弱く、雨が降ったために地球征服は失敗。 以降、特に目的もなく五十嵐家に居候しながら、襲ってくる電次元の刺客をあしらいながら適当に暮らすドタバタの日々を送ることになる。
