忍者神龟回来了！不过是电视剧。当神龟们被人类接受，并作为英雄进入高中时，他们现在面临着同时做两件事的压力。面对 1987 年电视剧中的原始反派，神龟们还必须与 Shredder 战斗。
火星平均气温零下53度，人们为了把其变为适应居住的环境在火星放养了些生物，其后进化为可怕的生物~为了驱除他们，队员们战斗啊战斗~ 小町小吉役を木内秀信さん、蛭間一郎役を杉田智和さん、秋田奈々緒役を川澄綾子さん、ティン役を橋詰知久さん、ドナテロ・K・デイヴス役を小山力也さ ん、ゴッド・リー役を津田健次郎さん、ヴィクトリア・ウッド役を小清水亜美さん、マリア・ビレン役を水樹奈々さん、チョウ・ミンミン役を高垣彩陽さん、本多晃役を家中宏さん、アレクサンドル・G・ニュートン役を中田譲治さんが演じる。
通过这部动画，孩子们能够从中感受到快乐，拓展对世界各地文化的认识，并且学习到超级飞侠和小朋友们的团结友爱、热情善良、互帮互助、一起成长的美好品质。
古海在灵池内疗伤，被蛊虫迷惑心志，差点被控制的时候，小柔突然冲出来挡住蛊虫的侵蚀。被蛊虫报复的小柔遭遇到巨大的冲击，体内的能量突然爆发，灵力大散，小柔受了重伤。古海从幻境中醒来，发现受伤昏迷的小柔被蛊虫包围，立刻帮助小柔驱散蛊虫。感到心痛的古海决心一定要救活小柔，他不能再面对第二个为他而死的女人了。然后怜生大师为救POPO体力大失，也无法救助伤重的小柔。情急之下，只有抢蟠桃的办法了。于是四人小分队又面临与九公子大战的情境。结果，奕天阁发动了阻止蟠桃被抢的反攻，邪恶的蟠桃树散发出吸食人血的阴暗魔力，无数修仙者都丧命在去蟠桃的路上。古海一行人发现了蟠桃的机密，决心救助小柔后破坏这个邪恶的地方。在于九公子的大战中，三人接连受重伤，千钧一发之际，POPO爆发出了强大的能力，与九公子最终厮杀。然后在战事焦灼的时候，被小柔灵力吸引来的大明王神和陈太极一直在高处观战，他们也在伺机抢走蟠桃，而且他们想要的，也远远不止蟠桃那么简单…
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拥有不幸体质的和泉每次都会遇到倒楣的事情，在高中联考时，他在女强人式守的帮助下，才得以拿回被风吹到树上的准考证，从而考上高中。和泉一直想亲自向她道谢，但没想到的是两人很有缘地就读了同一所高中，并成为了男女朋友。在和泉眼中，式守是一个完美的女朋友，总在危机发生的一刻帮自己挡灾，但没想到她仍是有弱点的。两人的爱情喜剧故事，在高中校园内展开。
