《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
美堂蛮（神奈延年 音）和天野银次（森久保祥太郎 音）是一对拥有神奇能力的好搭档。继承了欧洲女巫血统的阿蛮可以让与他对视的人在一分钟内产生幻觉，他的“蛇咬”更是威力无比；具有双重人格的银次宛如电鳗，可以在瞬间释放出10万伏特高压电流，化身“雷帝”后的他所向披靡。这对各自拥有不同背景却有着类似经历的青年走到一起，充当专门替委托人取回东西的“夺还者”。在新宿这片鱼龙混杂的黑暗地带，他们凭借自身的特殊本领一次又一次出色完成任务。然而这期间同样伴随着诸多危险，越来越多超能力者的介入，他们的工作充满了无限的挑战……本片根据青樹佑夜原作、綾峰欄人绘画的同名漫画改编。
旭日初升，清纯少女黑衣麻陶（花泽香菜 配音）终于迎来了期待已久的初中入学式，水手服标志着青春的开始。在学校门口，她邂逅了乘坐豪华轿车上学的同班同学小鸟游优美（泽城美雪 配音），顿时为对方的成熟知性气息所吸引。她主动上前搭话，两人很快成为开心畅谈的好朋友。家境优渥又怎样？履历平平又如何？这些都没有成为障碍，麻陶和优美的友情不断加深。快乐无忧的第一学年转眼过去，升入二年级后，麻陶和优美分入了不同的班级。开朗外向的麻陶似乎很快适应了新的环境，也结交了新的朋友；而一向内向恬静的优美虽然默不作声，心底却依稀升起几分落寞。 那种莫名的情感，让少女的友情失衡……
在昆虫世界里，一群善良的甲虫每日辛劳耕作，建设他们的家园。而在甲虫王国那个最偏僻的山茶村中，却隐藏着一个不为人知的秘密。某天，星仔（赤焰七星）驾着垦泥车开垦自家荒地时，被威龙（乌甲威龙）硬拉上山顶观看一场骑刃王比赛，为了说服对方赔自家的茶树，星仔驾驶垦泥车利用仅剩的3%能量撞翻了对手，但这也让他意外地发现，自己驾驶的垦泥车其实是赤焰家族的家传超级骑刃王——龙战骑。但得知山茶村里有这样一个人之后，狮鹫山庄第一高手钢千翅以及白虎车队队长铠甲神便相继挑战星仔试图分个高下。为了应战，原本想隐瞒事实的赤焰爷爷只得道出实情——星仔的父亲因为驾驶龙战骑比赛而死在了赛场上，而他不希望同样的悲剧和宿命在星仔身上重演，便将龙战骑的外壳卸下，将他伪装成一辆垦泥车，并不许星仔使用它去战斗。他怀着冠军梦想来到大城市，并与钢千翅，铠甲神，苗纹纹组成圣兽队，迎接新的挑战。在成长过程中，他得知一个邪恶科学家为了赢得冠军操纵比赛，团队运用自身神奇力量瓦解了邪恶科学家的阴谋，赢得了总决赛冠军，成为拯救甲虫世界的传奇英雄。
