小爱和小优的父母——早川夫妇，是研究异界的博士。在某天早川夫妇俩去了异界后就再没有回来了。于是，久等父母未归的小爱、小优就乘上通往异界的地铁，往异界进发去了……在地铁上遇到的理沙，知道小爱和小优去异界是为了寻找他们的父母。决定与他们一同出发，保护他们俩……黑色的风，神秘的男子，手中的魔枪，是破坏世界的武器还是……白色的云，仍是谜样的男子，手中的剑，是敌人还是……可怕的伯爵和他的手下——四将士，究竟还有多少的阴谋？欧美加——这强大的力量，它四处散落的碎片最后会怎样呢？混沌——最后真的会吞食所有的一切吗？我是法菲德，异界的导航者。而这里将要开始的是最终幻想——无限！
明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。 当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。 这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。
忍者神龟回来了！不过是电视剧。当神龟们被人类接受，并作为英雄进入高中时，他们现在面临着同时做两件事的压力。面对 1987 年电视剧中的原始反派，神龟们还必须与 Shredder 战斗。
通过这部动画，孩子们能够从中感受到快乐，拓展对世界各地文化的认识，并且学习到超级飞侠和小朋友们的团结友爱、热情善良、互帮互助、一起成长的美好品质。
