故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
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本剧的世界设定是普通人类和拟人化的动物共同生活在一起，除了外形，这些动物跟人类没什么不同。马男波杰克（威尔·阿奈特 Will Arnett 配音）是一匹中年过气明星马，他年轻时主演的电视剧《胡闹的小马》风靡一时，而今他已是无人问津的过气明星，与陶德（亚伦·保尔 Aaron Paul 配音）一同生活在LA的一所别墅里。为了重整旗鼓，波杰克在经纪人兼前女友卡罗琳公主（艾米·塞德丽丝 Amy Sedaris 配音）催促下出版一部自传。这部由戴安（爱丽森·布里 Alison Brie 配音）代笔的自传一经问世就大受欢迎，波杰克因此重回观众视野，还得以饰演一部热门电影的男主角。浑浑噩噩多年的波杰克，能否适应新生活？
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。 在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
与冒险者们以及几乎所有与他们有过交集的人一起，乘坐火箭前往 Gargantua-2 空间站，进行一场史诗般的冒险，这将改变我们所知的冒险宇宙。
