《谁是爸爸》讲述了四个医生因为一个基因突变的新生儿而引发了一系列的情感纠葛，最终有情人终成眷属的故事。全剧围绕“谁是爸爸”这个主题，引出了夫妻之间、恋人之间、母女之间等多条感情线，生活中的情感悬疑，情与义、爱与恨、名与利在剧中表现得淋漓尽致，环环相扣的情节更是牵动人心。本剧由台湾著名导演孙树培执导，张国强、周蜜和崔鹏等人主演，并有刘雪华、寇振海、李颖和温海波等老戏骨倾力加盟。
1911年，武昌首义，全国光复，在日本学习化工的范旭东毅然回国，欲投身报国大业。官场黑暗让范旭东失望至极，遂立誓“实业救国”。突破技术和政治的重重难关，创办中国第一家盐碱化工厂“永久黄”。1937年，日军全面侵华，范旭东立刻将生产转为军工，制造出弹药，全力支援前线，在亡国灭种的危难时刻发挥了巨大的威力！1945年，抗战胜利后，范旭东积劳成疾，因病去世，毛泽东亲笔题写挽联：“工业先导功在中华”。
陈博之和苏庭雨是一对生活了三十多年的老夫妻，岁月的流逝似乎渐渐磨平了彼此之间的感情。当苏庭雨决定在退休之际结束这段婚姻时，陈博之却迎来了一个意外的访客——他的前女友心路。心路的到来不仅让陈博之尴尬难当，也让一直默默暗恋苏庭雨的林迁感到内疚。另一对夫妻，孔东南和范思萍，是体工大队的教练。正当他们为了金牌梦想全力拼搏时，范思萍却患上了肌无力症。为了不影响丈夫的训练，范思萍选择默默承受，而体贴的孔东南却了解了她的全部病情。为了安抚岳父和母亲，孔东南做出了一个令人惊叹的举动。 最后一对夫妻，马小波和庄丽，是一对刚刚步入婚姻殿堂的年轻夫妻。然而，爱情的热度在婚姻的现实面前逐渐冷却。庄丽追求浪漫，试图在婚姻中重燃恋爱时的激情，却对马小波提出了一系列近乎苛刻的要求，令他身心俱疲。正当马小波准备结束一切时，他却被身边邻居的善举所感动。这三对夫妻的故事展现了婚姻中的挣扎与成长，以及爱与理解的力量。
清末，马贼绑架了清朝副都统的女儿陆璎，年轻的土匪陈九将其救出，两人成亲。在好友孙殿臣和沈中和的帮助下，陈九在哈尔滨开办了“宏发祥货栈”，并逐渐成为哈尔滨的皮货老大，因此招致日本商人庄本的嫉妒。庄本欲搞垮陈九，费尽心机。战争爆发，日本占领东北，庄本使用各种手段，使得“宏发祥”的生意日益艰难。这时，陈九得到一批羊皮，但庄本奉日本关东军之命，要用这批羊皮制作军服，为了不让羊皮落入庄本手中，陈九毅然决定将羊皮全部送给抗日的马贼。最终，庄本的计划落空，被关东军收押带回日本审讯；陈九的儿子即将诞生，陈九高兴不已，重获希望......
孤儿王小米虽然貌不出众，却是个乐观向上、充满正能量的可爱女孩。她一直暗恋着摄影奇才、帅气师哥杨家磊，而杨家磊爱的却是美籍交换生陈安妮。大学毕业，杨家磊为了留住陈安妮，精心策划了一场婚礼，王小米得知杨家磊要结婚的消息伤心欲绝。婚礼当天，陈安妮因恐婚落跑，情急之下身穿礼服的王小米阴差阳错被当成了新娘，由此便和杨家磊有了无法割舍的情缘。王小米善良、孝顺、重感情、识大体，不仅打动了杨家磊的父母，也渐渐融化了杨家磊内心的坚冰，两人终于假戏真做、结为夫妻。没想到的是，落跑新娘陈安妮突然出现。一边是当年深爱的恋人，一边是相濡以沫的妻子，杨家磊陷入矛盾中，王小米却用她的宽容和智慧，引导着杨家磊心甘情愿地回归家庭。
