故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
在一个被称作『逆JAPAN』的空间，每隔44年就会打开一次“妖逆门”释放大量妖怪，一位神秘的少年多闻三志郎将在这里展开异想天开的奇异冒险。
这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年—— 新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。 从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。 作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
“发射一枚导弹需要花费多少？”“战斗人员的制服干洗费用是多少？”以现实的主题为观点，至今未闻的“经济上正确的”机器人英雄故事。 年轻的技术人员冲野铁郎，带着自己开发的新型机器人BULLBUSTER，被派往害兽驱除公司波止工业。 与由田岛担任社长的波止对峙的是被名为“巨兽”的神秘生物！ 此外，作为一个总是缺钱的小公司，波止总是受到经济问题的影响…… 机器人的燃料费、驾驶员的人工费，甚至一颗子弹的浪费都是不可接受的。 在消灭巨兽的“理想”和成本的“现实”的夹缝中，波止的未来会是怎样？
酷爱功夫的热血少年鸡小龙，从小就在自己编织的功夫梦中长大，整日梦想着有朝一日能成为鸡中大侠。一次偶然的机会，鸡小龙进入了咸蛋寺，跟着传说中的“功夫大师”胸大鸡学习功夫，成为了千年大咸蛋的守护者。跟小龙一起习武的还大师兄金刚哥，他威武、冲动，凡事总是冲在最前头。小师妹兔玲珑为人能言善辩，古灵精怪，继承了刺客世家的灵活身手，经常能给敌人出其不意的打击。为人不拘小节的胸大鸡总是胡乱教鸡小龙一些奇怪的武功，闹出许多笑话。三位徒弟在快乐和欢笑中一次又一次的粉碎了咸蛋寺最大的敌人黑鸦帮夺取咸蛋的阴谋。
由于联合军的阴谋，先帝戈萨十五世陛下驾崩，年少继位的阿萨琳十六世在大臣的极力推动下，发动了对联合宇宙军的全面战争。与此同时，联合宇宙军也在全力备战，招募士兵。在诱人的美女征兵广告前，杰斯迪·植木·泰勒动心了，于是他来到征兵处，面对入伍动机询问，他给出了以下经典回答：军队这种地方，吃饭不要钱，制服和生活日常用品全部都……不要钱！又不用担心房租，要取得各种执照也轻易，再加上搭乘宇宙战舰的话，到达敌方以前整天可以在冷气密封仓里睡觉，同时可以坐着做工作，没有比这更轻松的行业啦！不是吗？同时呀阁下！退役后又有退休年金可以过悠闲的生活，这实在令人向往呀！如此回答，基本上没人会让这种人加入军队的，然后，泰勒的演讲开始了！
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
在剧中，原来砍伐树木的光头强变身成为一名导游，在熊大、熊二的帮助下，去往森林深处找寻儿时玩伴东北虎，但不料森林里蜘蛛、毒蛇、反派与陷阱等危机四伏，让找寻变得困难重重，而新加入的女性角色鬼马精灵赵琳，又让这段冒险旅程更加刺激精彩。众人齐心协力，在艰难险阻中一路向前，给人以出乎意料的想像空间与观看感受。
我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
《恶魔人》OVA第三部
