在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
外表纯良的少年美里优（泷本富美子 配音）自幼便失去了双亲，这么多年来，坚强的优一直都乐观的独自生活着。在一次公车劫匪事件中，优与名叫安藤麻幌（川澄绫子 配音）的少女相遇了，而巧合的是，后者正是准备到优家里应聘的女佣。于是，优和麻幌的同居生活就这样快乐的开始了。 有了麻幌的陪伴，优不再感到寂寞，而两人之间，渐渐的萌生出了超越主仆的感情。虽然身为老师的式条（高田由美 配音）和流河涛（子安武人 配音）经常给优制造着各种各样的麻烦，但打打闹闹的日子依然充满了欢笑。而就在这样的欢乐时刻，优才知道，麻幌曾是作为战士而被制造出来的机器人，而大限将至的她似乎和父母的死亡有着某些关联。
四年级生小翼从小和父亲相依为命，她生性害羞，一直和同学们格格不入。直到有一天晚上，她看到一艘宇宙飞船从天而降，受伤的外星人及惊吓过度的怪兽出现在她眼前。而更神奇的力量也瞬间发生。小翼从此具有超能力转变成破坏力十足的Fifure17,而当她回到小翼的现实身份时，一个和她长得一模一样的小光从此在她身边出现，她们两人都有能力转变成Figure17，于是，她们对抗外星生物的生涯从此开始了……
主人公水野贵弘过去在日本的马上长矛比武中所向披靡，于是为了测试自己的实力而到了国外留学进而参加更多大赛。在一次的大会中意外的受伤而导致败北，而后也从马上长矛比武引退，转修骑士辅助人员。 又到了将近马上长矛大赛的时期，为了培养出优秀的骑士，水野贵弘以辅助员的身份在学校中遇到了形形色色的高贵的大小姐们。 曾经受挫的骑士化作今日的骑士辅佐员，和少女骑士一起去拉开这持久激烈的战斗。
解放封印，额头出现龙之纹章时，新的真王传说即将宣告开始！ 这时代出生的摩陀罗，在其出生时的声音同时将魔王米洛克全身的灵力夺取，并丢往黑暗世界去。15年后，灼热的沙漠，在这养育他长大的亲人汰汰罗，将其全身装上机械装置，而摩陀罗也长大成一少年。长年的流浪，最后两人来到和平的尼索之社，并和麒麟相遇，这段期间也得到休息；但好景不常，米洛克的魔爪却来到了这个平和之社。村人被虐杀，连汰汰罗也身负重伤而倒地。另一方面，此刻隶属于米洛克军队的亡国之王子夏凰翔和圣邪神，也倒戈相向并脱离须弥山之控制。在与米洛克军队战斗之中，摩陀罗、麒麟和夏凰翔、圣邪神之宿命邂逅会如何发展下去？心中各有所思的他们，同时前往米洛克帝王所在之须弥山踏上旅程！ OVA 魍魎戦記マダラ 上巻 胎蔵編 魍魎戦記マダラ 下巻 金剛編
