第一部： 20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪…… 第二部： 这是一个全世界疯狂痴迷于卡片对战的世界。在这个世界，治理和保护环境被视为最神圣的职权。成名于世200余年的卡片世家宇文氏在第7代族长宇文锦辰的带领下，史无前例的取得了全国大赛的三连冠，使宇文氏在被长乐会压制了百余年后再次夺回了环境治理权。与此同时，宇文锦辰的三个儿子：宇文任、宇文炎、宇文士也都年满十岁，按宇文氏族例，年满十岁的子孙必须具备独立比赛的能力。双胞胎中的弟弟宇文士在十岁首演中意外失手，成为二百余年来第一个十岁首演失败的宇文氏子孙，崇尚最高卡片艺术的宇文锦辰一怒之下将宇文士逐出家门，并剥夺他的宇文姓氏。 这时，我们的主人公祺翔在寻求凯德事件真相，解开环境破坏之谜的时候，意外的被卷进了这一个神奇的世界，并结识了宇文士，两人结下了深厚的友情，为了保护环境、取得认同，共同踏上了御兽卡比赛之路……
千百年来，女娲与原始天魔分别代表着正义与邪恶，自女娲创造出人类那天起，正与邪的较量就从未停止过。为统治人类，天魔派出天地盟主将神兽魔化，攻下了玉龙国。南宫城主南宫逸差遣儿子南宫问天和女儿南宫问雅代表自己到民间帮助受难的众生。兄妹二人各有绝活，他们和玉灵龙一起与天地盟主展开了殊死搏斗。杀至你死我活之机，神兵兽兽破壳而出，演化为神兵天晶，他与问天兄妹、玉灵龙一起，决意打败天地盟主，救出身处险境的父亲。于是，他们一路收集神兵神兽，历经千难万险，向邪恶势力发起了进攻......本片取材于香港漫画大师黄玉郎的《神兵玄奇》。
七剑合壁之后，万念俱灰的马三娘想起了十二年前被她抛弃的儿子，于是来到雪岛寻子。马三娘得知阿木的第三只眼是天底下最邪恶的力量，于是企图诱使阿木用第三只眼夺取风、雨、雷、电四大神兽的内丹，进而得到麒麟，好让马三娘东山再起，称霸武林。灾难开始步步紧逼，麒麟危在旦夕。虹猫、蓝兔双剑出鞘，雷霆出击。刀光剑影里，正义与邪恶开始激烈交锋。
