荆爷爷在对抗山贼时英勇牺牲，留下庆和樊于期（王亚楠 饰）两位少年。樊于期回到秦国成为白起将军麾下的战将，而庆则留在快活谷中。他们心爱的女孩小沪（郑家榆 饰）在逃亡过程中受尽磨难，最终被荆轲抛弃。荆轲因小沪的背叛感到绝望，加入了刺客组织“天灭”。樊于期虽然在秦国立下赫赫战功，但心中始终念念不忘与他一起长大的伙伴和他的初恋小沪。秦王将公主许配给樊于期，却引起了丞相吕不韦的不满，引发了宫廷斗争。
　　荆轲成为了盖聂的学生，成为了一名出色的刺客。然而，在一次任务中，他不得不杀死自己深爱的女孩采儿，这使他陷入绝望。在此时，他遇见了一生的知己高渐离，以及圣女云兮。云兮的死唤醒了荆轲，使他决定放弃刺客生涯，寻找一个没有杀戮的世界。

　　在大同民间，流传着这样一个美丽的传说。故事发生在明代正德年间，年少的正德皇帝继位，由于贪玩儿，致使大太监刘谨专权，勾结胡人，企图篡权。皇太后及一班大臣为社稷江山而忧心忡忡。　　　　正德帝假借观赏大同民俗为名，突然带着侍从小虫儿微服来到大同，暗地里调查刘谨内外勾结的罪证。不料，正德这在凤临阁吃饭时，无意间搅进一桩命案里，幷与凤临阁老板娘凤姐相识。 　　　　这桩命案原来是市井泼皮曹虎所为，意在陷害凤姐，抢走凤临阁的生意。曹虎凭借着叔父是大同总兵，在大同勾结官府，为所欲为，把正德帝等抓进牢中。凤姐却误会了乔装成商贾侯公子的正德帝，以为是来栽脏陷害她。曹总兵发觉误抓了正德帝，惊慌失措，忙与知府商议，索性将错就错，不揭露皇上真实身份，不动声色地秉公宣判，抓起曹虎，放了正德帝。 　　　　一场虚惊过去，凤姐知道误会了侯公子，很是不安。侯公子喜欢上了爽快泼辣、美貌动人的凤姐，邀请她做向导，去游玩去岗石窟等名胜。凤姐欣然陪同。正德帝发现凤姐不过是一个民间女子，却对名胜古迹历史渊源了如指掌，惊诧不已。　　远在京城的刘谨怀疑正德帝去大同意图，却得到密报，知道正德帝真的是去玩乐，看上了一个民间女子，大喜，指使安插在正德帝身边的眼线小虫儿，伺机下毒，除掉正德帝。同时，为了随时掌握顾命大臣李东阳的动向，忍痛割爱，把身边宠妾刘兰儿送给了李东阳。　　小虫儿在正德帝茶碗里下了毒，可是当正德帝要喝时，小虫儿却不忍心，一把打翻毒茶……刘谨得知小虫儿未按指示办，冷笑一声，跟手下爪牙说，还有另一招，可以置正德于死地！原来刘谨已经与胡人串通好，要在云岗一带伏击正德帝，结果被曹总兵的人马打败。　　京城李东阳派来密探，告知正德帝朝廷混乱，刘谨蠢蠢欲动，须速速回京！正德帝与凤姐依依不舍分别，曹总兵以护驾为名，把三万兵马驻扎到京城郊外，震慑刘谨。刘谨见状，导演出舍命护驾、剜肉配药等自编自演的好戏，假装出一付忠臣状。正德帝佯佯中计，重用刘谨，引起朝内大臣不安。正德帝又与李东阳密谋，再去大同，给刘谨暴露谋反的机会，以得到证据，除去奸臣。　　身在大同凤临阁的凤姐，日夜思念侯公子(正德帝)，却被逃出大牢的曹虎纠缠。曹虎设计，给凤姐的茶里下了迷花散。曹虎正要占有她，恰逢正德帝赶到，曹虎逃跑，正德帝误会了凤姐…… 　　曹虎又设毒计，陷害侯公子(正德帝)。就在正德帝被押解到树林里，性命危机之时，曹总兵及时赶到，救出正德帝。此时大家都已知正德帝身份，只有凤姐还蒙在鼓里。　　刘谨以为篡权时机已到，忙着准备龙袍、玉玺，择日登基。李东阳也以为除去刘谨一伙的条件成熟，让皇太后装重病，找皇上回京。　　这时，身在大同的正德帝已经与胡人小王子和好，免去了边关忧患。凤姐与侯公子的感情也日益深厚，终于结合在一起得京城密报，正德帝焦急，凤姐却看出破绽，劝正德帝秘密速回京城，除去刘谨心腹大患！　　正德帝悄然回京，秘密指挥李东阳等忠臣调取刘谨罪证。刘谨得知凤姐怀有身孕，想在凤姐身上大做文章。不料凤姐得知刘谨诡计，忍痛打胎，让刘谨阴谋破产。　　李东阳想出计策，以在大同一带发现元代藏宝密址为诱饵，把刘谨调出京城。就在刘谨为藏宝的事奔忙时，李东阳已经清除掉刘谨在京城的势力。刘谨得到急报，班师回京，已经为时已晚。回京路上，正德帝领御林军截住刘谨，大战一场，正德帝用刘谨教给的借刀杀人之计还施彼身，除掉了刘谨。　　正德帝欲接凤姐回宫。不料凤姐坚决不从，说自己是一个民间女子，不能影响正德帝的治国大事。正德帝欲强行带走凤姐，封了凤临阁。凤姐宁可出家做尼姑，也不去京城。正德帝火烧尼姑庵，想逼凤姐出来。不料凤姐宁死也不愿走出尼姑庵！正德帝追悔莫及，再去扑火，已经晚矣。　　深爱凤姐的正德帝心灰意冷，下旨凤临阁永远不准开业，除非凤姐死而复生！皇太后也曾竭力反对这件事，让正德帝在美人与江山之间，只能择其一。如今凤姐已死，正好断了正德帝想念。正德帝只好听从皇太后旨意，同意与胡人之公主联姻，返回京城，重整大明江山。凤姐对正德帝的警悟和鼓励终于使他认识到自己肩负的使命，决心做一个为国为民的好皇帝，不再贪玩，而从此一心于朝政……

　　清道光二十七年(1847年)，一名将军拿了瑞王的手令来户部提银子。户部没有银子。银子已经被瑞王、户部尚书黄玉昆及户部侍郎范其良存到票号去了。票号的名字叫义成信，总部在山西，是全国最大的票号。
　　琉璃厂某古玩店，义成信老板的二公子祁子俊不信少年恭亲王能以巨额银两购走玉碗，言语上多有奚落。玉麟格格以一张陈旧但透着威严、绘着双龙、正中盖着玉玺面值百万白银的黄色票据典押银两。
　　于是，一出纠结着历史、政治、情感的大戏上演了……

　　本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。
　　历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。

　　本剧取材于长沙马堆秘史。
　　秦末汉初，楚汉战争悲惨壮烈，在战火中身受重伤的刘邦大将利苍，无意中闯入云梦泽畔的风镇。利苍的到来，改变了这村里几个青年男女一生的命运。少女辛追救回了伤重晕倒的利苍，被临终的老父托付给利苍，少女一夕之间变成将军夫人；邻家小子符申追随守护辛追，从此做了江湖侠客；妓女南施被刘邦看中，从此沉沦于追名逐利。
　　辛追献绝世智谋给利苍，辅助夫婿拜将封候。然而，官场中的陷阱与诱惑，令这对表面显赫的夫妇几度生离死别。辛追本是个坚强的女人，可是拯救她于乱兵魔掌的人，亲眼目睹她儿子出世的人，安慰她从病痛和失意中走出的人，竟都不是她的丈夫，而是符申！符申的痴情，令辛追纷乱又惶恐，她选择逃开，化身“一真道姑”，她为刘邦出谋划策，肃清宫闱、平定天下、救万民于水火，不料惹下另一笔桃花债——刘邦对孤高绝丽的“一真”惊为天人，认定她是这辈子唯一真爱，哪怕得知她是利苍的夫人，也不改仰慕之心，赐予她的素纱禅衣引得千年惊叹。
　　符申、利苍、刘邦……一个个男人拜倒在辛追的石榴裙下，南施妒火中烧，立誓有朝一日定要把辛追踩在脚下。她凭借自己的美艳姿色，把男人当作扶梯，爬上长沙王夫人的位置。她将利苍毒死在战场上；她把辛追新婚不久的儿子困死于空城之中；她挑拨符申与辛追之间原本就负担太重的情丝，令他们在绝望中彼此伤害……阴谋远远没有完结，南施的怨毒，宫庭的血腥，战争的残酷，江湖的险恶，把辛追这个孤独的女人逼进血雨腥风的噩梦……

　　桂阑珊乃南城巡城御史，他诙谐幽默，智慧过人，虽身为小官，却连破大案奇案，得罪了众人令朝中百官不可等闲视之，所以博得“鬼难缠”的别号。故事情节将悬念性与传奇性巧妙结合，丝丝入扣，引人入胜。故事人物各具特色，丰满鲜明，以深邃而细腻的笔触勾勒出一幅清代人物众生图。
　　《巡城御史》故事内容主要围绕桂阑珊破解一件件大案要案展开。
　　诬良为盗案，江西道赵御史由于查办湖南巡抚邹成仁一案，得罪了朝中大臣，公堂之上，事主原告突然纷纷翻供，还冒出一名妓女出面指认他索贿、招妓，赵铁面含冤被革职拿问。桂阑珊坚信赵铁面是清白的，开始调查。桂阑珊发现此案同收受银票有关，他根据银票来历，终于查清了江西官府曾汇来巨金，现已取用一空，都已流入此案有关人员腰包。桂阑珊移花接木，借审讯狼狗将三贝勒扣押，引来王爷及国舅爷等前来听证，桂阑珊借机将人证物证呈于堂上，令王爷、巴大人等不寒而栗，为了保住自己的位置，终于答应依法惩治邹成仁等。
　　侵吞巨款案，被发配黑龙江的恩福突然回到京城，调令正是巴大人颁的。王爷等怀疑巴大人行贿受贿，却找不到证据。巴大人表面上两袖清风，可私下里却借助自己开的古玩店行贿受贿，大发不义之财。桂阑珊摸清了巴大人的底细，釜底抽薪，命神偷燕五从巴府偷走巨额银票，巴大人一生聚敛化为乌有，痛不欲生。王爷得知此事，见有机可乘，欲将巴大人之女巴小姐许给三贝勒，巴大人为免杀身之祸只好应允。 银票上交朝廷，巴大人人才两空，哭笑不得。皇上送来御赐牌匾“清白家风”。巴大人也为此将爱女嫁到王爷家。
　　终成眷属案，贫家小户的兰姑娘本有青梅竹马的恋人双喜，也曾立有婚书。双喜随胡大帅从军，多年杳无音信。兰姑娘之父人穷志短，与当朝国舅爷立下婚书。一女许两家，婚期已近，兰姑娘痛不欲生，连夜逃出京城，国舅爷命人追赶，抢了兰姑娘。恰好路遇双喜随大帅回京。终于同兰姑娘久别重逢。胡大帅想成全爱将双喜的婚事，国舅爷和胡大帅为婚事互不相让，皇上举棋难定，命刑部审判清楚，大家都知道此案审起来两头都不敢得罪，最后还是将案子推给桂阑珊，鬼难缠绞尽脑汁用了合乎人情却难寻律例的奇计，使有情人终成眷属…
　　杀人顶罪案，安徽匪伙抢劫了在籍御史赵铁面全家，并将赵铁面杀死。此案的主犯胡又安是当地一霸、捕快班头。逮捕胡又安的圣旨还没有发出，三贝勒已密派人报警，胡又安远走高飞。马上行和萨指挥等人收受贿赂，欲将此案截住。但皇上却坚持查个水落石出。
　　假胡又安被押到京城，桂阑珊看他弱小的样子，怎么也和胡又安挂不上号。 桂阑珊开始了他缜密的调查。事实渐渐水落石出。
　　刑场上，千钧一发。桂阑珊突然赶到，一翻诱导，冒充“胡又安”的王柱儿当着围观百姓，说出实情。百姓们大哗。皇上大怒，要御审鬼难缠。这正合了桂阑珊的心意，他当即上殿，揭明了真相……
　　案子不管如何错踪复杂，棘手难办，只要经过桂阑珊侃旋周折，均化险为夷，伸张正义。而他破案的办法，则件件匪夷所思，事后又让人无不拍案叫绝。让那些道貌岸然的达官贵人不敢等闲视之。为了达到目的，桂阑珊并不计较个人荣辱，曲眉折腰侍权贵，那管众人唾骂；也不计较方式方法，乔装打扮，明察暗访，引贼入室，虚与蛇委；更不计较功名利禄，官司一破，他便隐身其后，落得逍遥。而他个人的情感生活却是一波三折，家事国事天下事岂能尽如人意，“鬼难缠”破得了朝中大案，却连个媳妇也难以娶到家中，他与青楼女子小金花的感情纠葛也是此剧的一大看点。再大的英雄遇到个“情”字也是枉然。
　　本剧虽然颠倒了剧作家习惯性的烘托手法，却从主题上更深一层探讨了动荡岁月中的小人物怎样才能维持正义与尊严的底线，在历史的洪流中也许只是沧海一粟，却也昭示了个人与社会及命运之间的一场富有传奇色彩的终极挑战。

　　这是一段流传千古的风筝奇缘，这是一篇亦恢亦谐的野史长卷
　　明朝中叶，明皇病危托孤，嘱三位心腹大臣辅佑年幼的太子弱冠之时摄政登基。并钦赐印符一枚，日后惟有三印合一，方可开启密匣，览阅先皇遗昭。不料，明皇驾崩之日，风云陡起。三大臣之一的文大人遭另两位大臣宦官刘公公和潘相爷陷害而自毁面容携印符潜伏民间，令两奸贼食寝难安.
　　十八年后，小皇上摄政之日渐近，遍寻印符下落的刘公公和潘相爷终于将目标锁定在江南某镇，并各自派出人马入镇探查。镇上住着边关节度使崔大人一家，崔大人有两女，一女吉祥天生豪爽顽劣，大大咧咧。一女如意美若天仙，琴棋书画无一不精。镇上方员外家有两个公子，大公子方文生才智过人，风流倜傥，行止洒脱，二公子方虎生是丑人多做怪。一日，虎生求助文生在风筝上题诗一首，以使自己也能凑趣示爱。文生哈哈一笑，随即题写打油诗一首，不意这风筝断钱之后，果真落到如意小姐的绣楼上，如意一见，暗动芳心。良辰吉日，崔家二位小姐上妙峰山无量观许愿，而方家二位公子恰好也遵父命来此避灾。为表爱慕之情，文生假借非非道长（文大人部将申屠）之名，为两姐妹解签。文生与如意顿生爱意，相见恨晚，而虎生与吉祥却因为移位错恋，分别害了单相思.
　　在潘阁老之子潘安设下的圈套里，文生竟痛打乔装街头无赖的小皇上朱小三。小皇上非但不加罪于他，竟钦点他为头名状元。方文生奉旨骑马夸街，与常常女扮男装的潘阁老之女天真同乘一匹马前行，此景被喜滋滋赶来的如意看见，心生不悦。皇宫大殿前，一场龙争虎斗，刀光剑影，乱世贼子终于伏法.
　　皇上顺利登基，谁料想，小皇上坐上龙椅，却恋情不舍，无义毁约，硬要搞一出啼笑皆非的三对新人殿上大婚。当然，如意是要留给自己的。大婚日，万面红旗漫卷，三顶喜轿狂颠，结果大出人们所料，意是文生配如意，虎生配天真，皇上配吉祥。更出人们所料的是，当年的印符当场现身，真正的皇上却是方文生！原来，当年先皇病危文大人怕年幼的太子被奸臣所害，经与皇后商议，故将自己的儿子与太子调换。正当人们似梦惊醒，寻呼真龙天子登基的时候，在五彩斑斓的风筝招引下，文生带着如意泛舟远去，采菊东篱去了